Auen, Moore sowie Trockenwiesen und -weiden waren vor 200 Jahren in der ganzen Schweiz weit verbreitet. Ab etwa 1850 hat der Druck auf diese Lebensräume drastisch zugenommen. Auen fielen vor allem den Gewässerkorrekturen zum Opfer, Moore wurden abgetorft oder zu Landwirtschaftsland umgewandelt, und Trockenwiesen und -weiden wurden immer intensiver bewirtschaftet oder fielen brach und wurden zu Wald.
Zwischen 1900 und 2010 betrug der Flächenverlust für Auen 36 Prozent, für Moore 82 Prozent und für Trockenwiesen und -weiden 95 Prozent (Abb. 2). Es darf dabei nicht vergessen werden, dass schon vor 1900 grosse Veränderungen stattgefunden haben. Vor allem bei den Auen fanden die grossen Flächenverluste zwischen 1850 und 1900 statt. Betrachtet man für die Auen den Zeitraum von 1850 bis heute, betragen die Flächenverluste über 70 Prozent.
Seit 1990 konnte der Flächenverlust bei den Auen und Mooren dank dem Inkrafttreten der entsprechenden Biotopinventare und einer wirksameren Gesetzgebung weitgehend gestoppt werden. Bei den Trockenwiesen und -weiden wurde das Bundesinventar erst 2010 in Kraft gesetzt. Die Flächenverluste konnten zwar gebremst, aber nicht gestoppt werden.
Angesichts der massiven Flächenverluste muss befürchtet werden, dass viele Tier- und Pflanzenpopulationen in den kleinflächigen Restgebieten der drei Lebensräume nicht überlebensfähig sind und lokal bis regional aussterben. Es müssen daher zusätzliche Flächen durch Renaturierung oder extensive Bewirtschaftung gewonnen werden.
Eine grosse Herausforderung ist die Erhaltung der Lebensraumqualität in den verbliebenen Flächen. Auen benötigen periodische Hochwasser und eine natürliche Flussdynamik, um ihre ökologische Qualität zu erhalten. Moore mit einer gestörten Hydrologie sind langfristig von Austrocknung und Verbuschung bedroht. Trockenwiesen und -weiden müssen weiterhin extensiv bewirtschaftet werden.