Le réseau routier et ferroviaire de la Suisse a connu une forte expansion au cours des cent dernières années et compte aujourd'hui parmi les plus denses d'Europe. Les infrastructures de transport et le trafic ont de multiples répercussions sur la biodiversité et le paysage. Les principales incidences sont la perte d'habitats résultant de la construction des routes et des voies ferrées, la dégradation de la qualité des écosystèmes par les émissions liées aux transports et la fragmentation des habitats due aux routes. Ces effets ont un impact négatif sur la biodiversité, car ils détruisent et morcellent les écosystèmes et les populations locales de nombreuses espèces. En même temps, des milieux se développent et créent de nouveaux espaces de vie tels que les talus d’autoroute ou banquettes de voie ferrée. Durant les dernières décennies, des mesures ont été prises afin d'atténuer les effets négatifs produits par les infrastructures de transport : p. ex. construction de passages à faune et création de surfaces de compensation. Ces mesures sont à même d’atténuer les effets négatifs, mais non de les compenser dans la plupart des cas. Certaines espèces tirent bénéfice de ces mesures et y trouvent de nouveaux habitats. Pour certaines espèces du paysage rural, ils constituent même des espaces de remplacement, dans la mesure où leurs habitats d'origine ont disparu des terres cultivées, vouées à une exploitation intensive. Il s'agit principalement d’espèces ayant peu d'exigences en matière d'habitat, telles que certaines plantes vasculaires, insectes et reptiles. Globalement, les transports ont cependant exercé une influence négative sur la biodiversité au cours des dernières décennies.