Die grosse Habitatvielfalt und Störungsdynamik in Auen entlang von Flüssen bietet Lebensraum für gefährdete Pflanzen und Flechten. Nicht mobile Habitatspezialisten sind gute Indikatoren für typische Nischen innerhalb des Auenperimeters. Nicht mobile Arten eignen sich dabei besser, da sie Störungen und Habitatveränderungen stärker ausgesetzt sind als mobile Organismen. Felderhebungen vor und nach Revitalisierungen sowie langjährige Monitoringprojekte zeigen unter Berücksichtigung von Ausbreitungsmechanismen der Zielarten auf, wie sich Auenlebensräume verändern. Genetische Analysen helfen zudem die Vernetzung entlang von Fliessgewässern zu verstehen und Voraussagen für zukünftige Vorkommen zu verbessern. Innerhalb des Auenperimeters sind Indikatoren für dynamische Lebensräume wie Kiesbänke deutlich von Zielarten auf nur periodisch von der Flussdynamik beeinflussten Habitaten wie dem Hartholzauenwald verschieden. Untersuchungen von baumbewohnenden Flechten mit unterschiedlichen Anforderungen an das Alter der Bäume ermöglichen Aussagen zu unterschiedlichen Zeitskalen. Viele wenig mobile Organismen stehen zudem stellvertretend für andere schützenswerte Arten und repräsentieren so die Qualität des Lebensraumes.
Wirkungskontrollen und Monitoringprojekte sollten Auenlebensräume in ihrer ganzen Vielfalt abdecken und dazu geeignete, wenig mobile Zielarten auswählen. Da einige Flechten im Feld schwierig zu identifizieren sind, sind auch Erhebungsmethoden mittels UmweltDNA (eDNA) möglich. Veränderungen in der Verbreitung von spezialisierten Auenarten dienen als Früherkennungssysteme für veränderte Flussdynamik und Habitatfragmentierung.