455 espèces de champignons sont connues dans le Vallon de Nant, dont une majorité d’Hyménomycètes. Pendant les Journées de la biodiversité, une mycoflore riche et diversifiée a été observée dans les forêts dominées par les épicéas (Abieti-Piceion, Vaccinio-Piceion), dont beaucoup d’espèces caractéristiques des étages montagnard et subalpin des Alpes. Près des ¾ des espèces lignivores ont été identifiées sur du bois de conifères, essentiellement l’épicéa (Picea abies), ce qui montre l’importance de cette essence pour les champignons. Beaucoup d’espèces spécifiques à un hôte ont été trouvées dans les peuplements d’aulne vert (Alnus viridis) et dans les pelouses alpines sur les saules nains (Salix sect. glaciale). Des espèces menacées, c’est-à-dire présentent sur la Liste Rouge, ont été trouvées essentiellement dans les pâturages calcicoles (Cynosurion, Poion alpinae). Au total, 131 espèces ont été observées pendant les Journées de la biodiversité, dont des micromycètes comme les rouilles et les Discomycètes sur les tiges d’herbacées et les rameaux.