Die unterschiedlichen Anwendungen in der Elektronenmikroskopie bieten vielfältige Einblicke in die funktionellen Einheiten der Mykorrhizen, seien dies nun einzelne Zellen oder gar ganze Gewebekomplexe. Diese feinstrukturellen Einblicke sind allerdings dringend notwendig, um das komplizierte Zusammenleben zweier solch unterschiedlicher Organismen wie Mykorrhizapilz und Baumwurzel zu untersuchen, und um letztlich nicht nur die Struktur, sondern auch die Funktion dieser mutualistischen Symbiose zu verstehen. Das Elektronenmikroskop bietet sich hier als geeignetes Arbeitsinstrument an, um vom Kleinen, im vorliegenden Fall z.B. dem Zustand einer Mykorrhiza, auf das Grosse, z.B. die Baumgesundheit, zu schliessen, da beide Faktoren in unmittelbarer Abhängigkeit miteinander verknüpft sind.